La ciudad de Garupá lleva su nombre del arroyo homónimo que la separa del municipio de Candelaria. El nombre “Garupá” proviene de la lengua guaraní y significa “Tierra de canoas” (ga: canoa o embarcación; rupá: cuna o tierra). Esta ciudad fue fundada en 1911, cuando Misiones todavía era un territorio nacional. En ese año, Bernardo Vicente llegó con su esposa como administrador de los campos de la familia Díaz. Junto a ellos llegaron varias familias más, formando así el primer grupo poblacional.
El 12 de junio de 1942, se aprobó la primera Comisión de Fomento de Garupá. Esta fecha es considerada oficialmente como la fundación de la ciudad.
Para el 7 de mayo de 2023, en las Elecciones Generales, Garupá contaba con 13054 electores nacionales y 173 electores extranjeros. Estos votantes estaban distribuidos en 38 mesas ubicadas en 6 centros de votación.